Por volta de 2014 eu trabalhava em um projeto usando um notebook com Windows, e rodava uma VM com Debian que compartilhava um diretório para que eu criasse arquivos com o Sublime Text lá dentro. Como o projeto era versionado com GIT, os arquivos que eu criava ficavam com um conjunto de permissões erradas, e os arquivos que eu modificava, acabavam com suas permissões alteradas.

Para resolver esse problema, existe uma configuração no GIT que chama filemode, e se desligarmos, o GIT não vai mais rastrear mudanças nas permissões dos arquivos. Você pode fazer isso de maneira que só afete seu repositório:

Você também pode configurar de maneira global no seu GIT:

Uma última dica, caso você precise lidar com permissões e está usando Windows, é configurar a parte de permissão de execução, quando o arquivo é um script shell. Por exemplo:

Referência: http://blog.lesc.se/2011/11/how-to-change-file-premissions-in-git.html

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